The Embodiment of Scarlet Devil
Дата выхода: 11 августа 2002 (62-й Комикет)
Шестая часть серии и первая Touhou-игра, выпущенная для платформы Windows. Согласно сюжету, Гэнсокё заволакивает странным красным туманом, практически полностью скрывающим солнце. Жрица Рэйму Хакурэй и колдунья Мариса Кирисамэ пытаются выяснить причину возникновения тумана и сталкиваются с его создательницей — таинственной «Алой Дьяволицей».

Perfect Cherry Blossom
Дата выхода: 17 августа 2003 (64-й Комикет)
Седьмая игра серии. В отличие от предыдущих игр, японское и английское названия переводятся по-разному: «Чарующая Мечта» и «Совершенный Цветок Вишни» соответственно. Новым элементом геймплея становится система Cherry-очков: Cherry-бонусы при определённом количестве дают временный защитный барьер, а также влияют на общий счёт. По сюжету Perfect Cherry Blossom, зима в Гэнсокё продолжается, несмотря на наступление мая. Рэйму, Мариса, а также Сакуя Идзаёй направляются на поиски тех, кто задерживает приход весны.

Immaterial and Missing Power
Дата выхода: 30 декабря 2004 (67-й Комикет)
Игра под номером 7.5, созданная совместно с командой Twilight Frontier. Несмотря на то, что она была выпущена после Imperishable Night, описываемые события по времени происходили раньше. Team Shanghai Alice отвечала за сюжетную линию, некоторую музыку, а также за дизайн уровней и персонажей; игра считается официальной работой команды. Immaterial and Missing Power — это 2D-файтинг с акцентом на использование дальних атак. Изначально игроку доступны персонажи из предыдущих игр: Рэйму Хакурэй, Мариса Кирисамэ, Алиса Маргатройд, Ёму Компаку, Сакуя Идзаёй и Пачули Нолидж. Другие персонажи становятся доступны по мере прохождения сюжетной части игры. Один из официальных патчей добавляет в игру Хун Мэйлин, но за неё нельзя играть в режиме прохождения сюжета.

Imperishable Night
Дата выхода: 15 августа 2004 (66-й Комикет)
Игра под номером 8. Одной из главных особенностей становится возможность смены персонажа прямо во время игры: изначально игрок может выбрать одну из четырёх команд, каждая из которых состоит из двух героинь (Рэйму Хакурэй и Юкари Якумо, Мариса Кирисамэ и Алиса Маргатройд, Сакуя Идзаёй и Ремилия Скарлет, Ёму Компаку и Ююко Сайгёдзи); переключение между персонажами происходит при нажатии кнопки фокус-режима. Также на смену Cherry-системе приходит параметр «phantom gauge» и концепция «времени». Завязкой сюжета служит исчезновение Луны за несколько часов до начала Лунного фестиваля и замена её неизвестными на фальшивую, не способную стать полной. Команда, выбранная игроком, должна вернуть настоящую Луну до наступления утра.

Phantasmagoria of Flower View
Дата выхода: 14 августа 2005 (68-й Комикет)
Игра под номером 9. Как и Phantasmagoria of Dim. Dream, этот скролл-шутер рассчитан на 2-х игроков, поэтому геймплей во многом отличается от предыдущих игр. При первом запуске доступно 5 играбельных персонажей, но по мере прохождения становятся доступны и другие. Следуя сюжетной линии, игрок должен выяснить причину несезонного и необычайно сильного цветения растений.

Shoot the Bullet
Дата выхода: 30 декабря 2005 (69-й Комикет)
Игра под номером 9.5, единственная часть из всей серии, где отсутствует Рэйму Хакурэй. Основана на официальном произведении «Bohemian Archive in Japanese Red». Главный персонаж — тэнгу Ая Сямэймару, репортёр местной газеты. Сюжетной линии как таковой в Shoot the Bullet нет: Ая вступает в бой с другими персонажами, чтобы сфотографировать применяемые ими узоры-даммаку для своих статей. Особенностью геймплея является отсутствие у игрока какого-либо оружия, кроме фотокамеры, которая очищает область снимка от пуль противника.

Mountain of Faith
Дата выхода: 17 августа 2007 (72-й Комикет)
Игра под номером 10. В данной части ZUN переработал систему карт заклинаний: возможность их применения зависит от количества энергии, бомбы действуют одинаково и поражают лишь небольшую область (однако по-прежнему дают кратковременную неуязвимость). Если не считать
Shoot the Bullet, это также единственная игра под Windows, где отсутствует грейзинг. По сюжету игры, Рэйму получает послание с требованием закрыть храм Хакурэй, который в противном случае будет разрушен богом Ёкайской горы. Управляя Рэйму или Марисой, игрок должен добраться до вершины горы и предотвратить разрушение святилища.

Scarlet Weather Rhapsody
Дата выхода: 25 мая 2008 (5-й Рэйтайсай)
Игра под номером 10.5, созданная совместно с командой Twilight Frontier. Является файтингом, как и часть 7.5.

Subterranean Animism
Дата выхода: 16 августа 2008 (74-й Комикет)
Игра под номером 11. В качестве играбельного персонажа можно выбрать Рэйму или Марису; также выбирается помощник, который не участвует в сражении, но влияет на тип выстрела и эффект от бомб (общая концепция которых взята из предыдущей части). Рэйму помогают Ая Сямэймару, Юкари Якумо и Суйка Ибуки. Марисе — Алиса Маргатройд, Пачули Нолидж и каппа-инженер Нитори Кавасиро. Согласно прологу игры, неподалёку от храма Хакурэй неожиданно появляется гейзер. Под управлением игрока, Рэйму или Мариса отправляются в неизведанные глубины Гэнсокё, чтобы выяснить причину пробуждения древних духов земли.

Undefined Fantastic Object
Дата выхода: 15 августа 2009 (76-й Комикет)
Игра под номером 12, анонсированная 26 февраля 2009 года. Демоверсия была представлена 8 марта на 6-м Рэйтайсае. История начинается с того, что Мариса и Рэйму узнают о загадочном летающем корабле, который, согласно слухам, перевозит сокровища богов удачи. Санаэ Котия, ранее встречавшаяся в Mountain of Faith и Subterranean Animism, сообщает им, что видела корабль в небе Гэнсокё. Героиня, выбранная игроком, отправляется на поиски корабля. В этой части второй раз за всю историю серии появляется персонаж мужского пола.

Touhou Hisoutensoku
Дата выхода: 15 августа 2009 (76-й Комикет)
Игра под номером 12.3, анонсированная командой Twilight Frontier 23 июля 2009 года. Представляет собой дополнение к файтингу Scarlet Weather Rhapsody. Первая игра серии, не имеющая английского названия.

Double Spoiler
Дата выхода: 14 марта 2010 (7-й Рэйтайсай)
Игра под номером 12.5, анонсированная ZUN’ом 3 марта 2010 года. Double Spoiler является продолжением Shoot the Bullet; как и прежде, игроку предстоит управлять Аей Сямэймару, которая должна фотографировать противников и их атаки. В роли врагов выступают персонажи Touhou 10—12, включая Рэйму и Марису. На последнем уровне игры появляется также новая героиня — тэнгу Хататэ Химэкайдо; она, как и Ая, делает снимки для своей газеты. После прохождения игроком нескольких этапов последнего уровня Хататэ становится играбельным персонажем. Одной из особенностей геймплея по сравнению с Shoot the Bullet является возможность переключения ориентации «видоискателя» с альбомной на книжную.

Fairy Wars
Дата выхода: 14 августа 2010 (78-й Комикет)
Игра под номером 12.8, анонсированная ZUN’ом 23 июля 2010 года. Fairy Wars является сюжетным продолжением манги «Тохо Сангэссэй», а подконтрольным игроку персонажем становится Чирно, объявившая войну трём феям. Особенностью игрового процесса стала возможность замораживать пули противников. Появляющиеся при диалогах портреты персонажей в данной игре нарисованы не ZUN’ом, а Макото Хирасакой. Английское название Fairy Wars можно увидеть во время прохождения уровней в правом нижнем углу окна программы.

Ten Desires
Дата выхода: 13 августа 2011 (80-й Комикет)
Игра под номером 13, анонсированная ZUN’ом 28 февраля 2011 года. Выход демоверсии планировался на 8-м Рэйтайсае, который должен был пройти 13 марта, но был отложен в связи с землетрясением Тохоку в Японии на 8 мая[18][19], в связи с чем демоверсия вышла только 15 апреля. Играбельными персонажами являются Рэйму, Мариса, Санаэ и Ёму.